约开通商口岸使用的界限，流通于朝鲜全国。

日本贷币在朝鲜半岛疏通，主些服务于日本的战地需要，方便日军在朝鲜国内征用粮食和人夫。随着中日战争的扩大，军用物资与人力的征用急增，对朝鲜货币的需求量增加了，从而出现汇率对日本不利的趋势。因此，日本外务大臣陆奥指示大鸟“发行朝鲜货币代用券”朝鲜政府发行“代用券”会给本国带来经费和财政上的损失，而改为承认日币与新币“混合使用”结果，尽管货币改革对朝鲜十分必要，然而屈服于日本压力，作了上述规定，便利了日本的经济与军事侵略。

不过，总的说来，在大鸟任公使期间，日本对朝鲜内政改革的干涉还不能随心所欲，改革的方向也不是按照日本所期望的目标前进。不仅大院君势力的反抗还相当强大，而且具有亲日倾向的改革派亦并非唯日本之命是从。

此时，朝鲜出现了特别令日本感到不安的事情，全奉准领导的农民军再次集结，举起反日的大旗。同时，儒生再次掀起反日上疏运动。他们攻击开化为“卖国谋”称金弘集、金嘉镇等改革官吏为“八奸”

在政府内部，军机处的改革方案遭到了大院君的强烈反对。由于此时高宗热心于改革，大院君开始阴谋发动兵变，将高宗撵下台，而拥其孙子李峻熔为王。为实现这个计划，首先必需迫使日本从朝鲜撤军。为此，大院君任其爱孙李峻熔为壮卫营大将，掌握兵权，表面上对日本大鸟公使表示恭敬诚恳，而暗中与与驻扎在平壤的清军指挥使联系，而且与仍在同日本人交战的东学农民军进行联络，希望能够“表里相援”将日军驱逐出朝鲜。

最终阴谋败露没有成功，但大院君的举动引起了日本人的严重关注。日本担心在汉城的代表大鸟圭介控制不了局势，于是将他召回，另派声望卓著的高级政治家井上馨出任驻韩特命全权公使。

10月25日，井上馨到达汉城，27日在遏见高宗时，指责朝鲜军国机务处推行内政改革不力。井上甚至认为由开化派官吏占主导地位的军机处是导致国政紊乱的根本。自此以后，军机处已难以正常活动，朝鲜自主改革的过程宣告结束。

井上馨赴任的第一件事就是设法排除拒不与日本人合作的大院君。他利用日本军队占据平壤城时搞到的大院君与清军秘密联络的文件，大做文章，迫使大院君退出了政治舞台。这次，大院君从被日本人启用，到结束执政，前后不过几个月的时间。

除掉大院君这块绊脚石之后，井上馨说服高宗，将亡命日本后来蜕变为其工具的朴泳孝安插到朝鲜内阁，任命为内务大巨，并通过所谓官制改革法令，撤销军国机务处，使中枢院取代前者的职能。这样，日本人实际上扶植了一个以金洪集和朴泳孝为首的联合政府。

井上馨在排除大院君的同时，向高宗和大臣们提出了所谓《内政改革纲领20条》，其核心内容与以前所颁布的改革方案没有多大区别，所不向的是：

1.撤除军机处，取消赋予大院君的权限，实行国王亲裁，达到“政权源流归一”；

2.议政府与各部衙门招聘外国顾问。