局基本已定的时候，日军和官军在各地惨绝人寰地镇压农民军。当时，全罗道、忠清道等三南一带，参加暴动的农民及其家属约二十万人惨遭杀害，城市和农村变成了一片废墟。

由于叛徒的告密，全奉准和他的战友一起被捕，并被立即押送至汉城。全奉准和他的战友，直到1895年3月17日被判处死刑，不仅没有为刽子手的严刑拷打所屈服，而且义正辞严地申明自己的斗争是正义的，明确地指出侵略者和统治阶级是人民大众的敌人。

遭到灭顶之灾的东学党农民军，仍旧有一小部分进山坚持游击战争，但是由于全奉准被逮捕，到了1895年2月，甲午东学党农民起义大体上宣告结束。

东学党农民起义，使朝鲜的社会矛盾越发尖锐化。闵氏政府随后请清兵来镇压，又给日本的军事入侵提供了借口，清日两国的军队在朝鲜国土上对峙，给朝鲜酿成了空前的民族危机。在面临灭顶之灾的形势下，闵氏政权也不得不认真考虑应急对策。

在朝廷内部除了相当一部分官员坚持请兵镇压外，还出现了对农民起义军持同情立场的一派，他们建议政府对农民军施以怀柔政策。这两个派别虽然论条相对立，但是他们都感到内政改革势在必行。所以，改革弊政的呼声在闵氏政府内部日益成为主旋律。

早在5月间，金弘集就说，所谓更张，就是要大刀阔斧地改革政治上的弊病。高宗本人对国家混乱亦十分痛心，痛感改革弊端的必要，要求大臣们参照外国制度进行改革。

趁着朝鲜政府出现的这股改革风潮，《全州和约》之后，朝廷之中的革新派官吏更酝酿着自上而下的自主改革，这种改革和全奉准领导的改革运动大有相互结合的趋势。但是，日本对朝鲜改革的“劝告”与强行介入，将这种潜势扼杀在襁褓之中。

日本出于本国利益的考虑，要求中国共同改革朝鲜内政，在遭到清政府拒绝之后，日本决定单独介入。6月26日，由日使大鸟向高宗提出了改革案。

日本政府无视在农民战争的压力下，朝鲜政府内出现的自上而下进行内政改革的倾向，和农民军执纲所在全罗道地区所进行的改革，强行对朝鲜政府提出“劝告”完全是出于政治需要。日本内阁批准的关于朝鲜的改革案，除最后一条是属日本利用开发交通通讯手段获得利益之外，完全是抽象的项日罗列。在朝鲜朝廷内部，从上至下都表示坚决拒绝日本的干涉，自主变革。两班官僚中要求改革弊政的上疏亦相继发生，当时，地位稳健的开化派资深官员金弘集已被任命为外务总理，俞吉浚等新进开化派人士己被任用为中央各署衙参议，初步呈现举国一致的前景。

东学党农民起义和中日在朝鲜的军事对峙，从根本上动摇了闵氏政权的统治。随着甲午年国内改革呼声的高昂，闵氏戚族政治的代表人物闵泳骏成了众矢之的，甚至有人主张“剥夺闵泳骏的官位俸禄，没收其全部财产并流放荒岛”7月份，闵泳骏被迫辞去宣惠堂上职务，以此为标志，闵妃势力开始衰落。金嘉镇、俞吉浚、金弘集、朴定阳、赵义渊等有开化思想和亲日倾向的官吏先后开始受到重用。

与此相呼应，汉城南大门贴出要求驱逐闵氏派人物，重用开化派、实行国政“更革”的檄文。儒生甚至直接上疏高宗，要求广开言路，创设议院。在这种背景下，7月末，金炳始出任领议政，朝廷之中的开化派酝酿着排除诸闵、推行改革的一场“政变”