历法之争，新派在学理上既已获胜，政治上的冤狱，当然亦能获得平反。议政王等先议：“请将光先夺官，刑议罪。上命光先但夺官，免其罪。”

“历算之术，愈则愈，愈则愈密。汤若望、南怀仁所述作，与杨光先所攻讦，浅疏密，今人人能言之。其在当日嫉忌远人，牵涉宗教，引绳批，诚一时得失之林也。圣祖尝言：‘当历法争议未已，己所未学不能定是非。乃发愤研讨，卒能造密微，穷极其阃奥。’为天下主，虚己励学如是，呜呼，圣矣！”此亦非溢之词。

“千年逢午会，百尽文明。（原注：依邵元会运世推算，正逢午会，万法当明。）汉法推平，唐僧重一行。（原注：先生崇祯时，已中国，所刊历法故名《崇祯历书》。与家君最善，家君亦天学，世后，绝不谈。）有书何异域，好学总同情。因先生意，中怀日夕倾。（原注：予所得穆先生火星法最捷，故相质论。）”

相提携矣！”此亦极中肯之言。总之新旧历法之争，启发了清圣祖重真理、辨是非的科学神，影响其人格的形成，关系极大。圣祖之能成为一个杰的统治者，平三藩、兴文教、重民瘼、察官吏，凡理之所在，笃信力行而不疑，实为其自我训练而有的科学神所使然。《清史稿》二百七十三卷附论：

：此诗当于汤若望罢官以后、未死之前，计其当在康熙五年至七年之间。旧派历家方以排去汤若望为快意，而方中通与汤若望有所游，其为遭忌，亦无足怪。

“顺治间，泰西教士穆尼阁寄寓南京，喜与人谈算学，并不招人耶稣教。”方中通的算学，得自穆尼阁，而历法则由汤若望所授。汤若望且曾授历法于方以智。两代世，渊源不浅，有诗为证。

方中通《陪集》中《陪诗》卷二，有五律一首，题为《与西洋汤未先生论历法》。未即汤若望的别号。诗云：

“拜唐阿”是满洲话，亦为侍卫之一，扈从时职司前驱。康熙制鳖拜，心积虑而声不动，参与机密者只极少数的心腹侍从，颇疑曹雪芹的祖父曹寅亦为其中之一。曹寅以后得恩眷，盖非无故。康熙自诛鳖拜，始得独揽大权，廷中新旧两派之争，至此局面大定。于是南怀仁上疏，为师讼冤。《杨光先传》：

“五月…戊申诏逮辅臣鳖拜，廷鞫。上久悉鳖拜专横政，特虑其多力难制。乃选侍卫，拜唐阿年少有力者，为扑击之戏。是日，鳖拜见，即命侍卫等掊而系之。于是有善扑营之制，以匠臣领之。庚申，王大臣议鳖拜狱上，列陈大罪三十，请族诛。”

就在这时候，十六岁的康熙，了一件人意料而确可令人佩服的大事，《清史稿-圣祖本纪》康熙八年记：

方中通则纯为新派，其学自穆尼阁、汤若望。穆尼阁其人，不如汤若望、南怀仁知名，非研究天主教史者，不能其生平，今于刘声木《苌楚斋随笔》卷四中得一条：

“南怀仁等复呈告光先依附鳖拜，将历代所用洪范五行，称为《灭蛮经》，致李祖白等无故被戮。援引吴明诬告汤若望谋叛。下议政王等议：坐光先斩。上以光先老，贷其死，遣回籍，卒。刑议，明坐奏事不实，当杖。上命笞四十，释之。”汤若望则复封号，视原品赐恤，封号原为“通玄教师”因圣祖名玄烨，避讳改玄为微。

这一冤狱的平反，在杨光先、吴明一系的旧派，自有刺骨之恨。随时谋求报复，亦在意中。方氏父被诬，可能即为旧派对新派的一报复。

：清初畴人，首称“南王北薛”南王为吴江王锡阐、北薛为山东薛凤祚，俱通中西之学，与新旧两派皆有往。纯属旧派者，常州龚士燕，康熙六年应募京，为旧派钦天监官所引重，康熙八年“定用西法而古历卒不行”因于后二年“以疾归”实为锻羽而归。