昌。李文忠到兴和时，活捉了平章竹贞，又在骆驼山大破元兵，于是朝应昌进发，还末到应昌时，李文忠获悉元朝皇帝已死，便包围了应昌城，并把它攻克下来，俘虏了元朝皇帝的孙子买的里八剌和他的妃嫔、大臣，缴获了许多宝石和图画书籍。只有元朝皇帝的太子爱猷识理达腊带了几十个人骑马逃脱。徐达也在沈儿峪口大破王保保，王保保率残兵逃走。明太祖便封买的里八剌为崇礼侯，称已死的元朝皇帝为顺帝。这样一来，从前元朝的诸位将领江文清等人和元朝的王子失笃儿等人，先后归顺于明朝。只有王保保还拥戴元朝太子爱猷识理达腊住在和林。明太祖几次以诏书告谕他们，他们始终不愿归顺明朝。
洪武五年(1372)春，明朝派大将军徐达、左副将军李文忠、征西将军冯胜率领军队分三路征讨爱猷识理达腊，大将军徐达由中路出雁门关，征战不利，转守边塞。冯胜率兵从西路驻扎兰州。右副将军傅友德带兵先行，转战到埽林山，与冯胜等人的军队会合后，斩杀元朝的平章不花，降获上都驴等人下属的官吏和平民八千三百多户，又从亦集乃路到瓜州、沙州，再连败元兵。李文忠在东路从居庸到口温，元朝兵将弃营而逃，李文忠就率轻骑从胪朐河急速前进，在土剌河打败蛮子哈剌章，又追到阿鲁浑河和称海，俘获元朝官员的子孙和士兵家属共一千八百余人，解送到京师。不久徐达等奉召还师。洪武六年(1373)春，派遣徐达、李文忠等守卫西北边陲。元兵进犯武州和朔州，徐达派陈德、郭子兴出击，打败元兵。不久，徐达等又在怀柔大败王保保的军队。这时期元兵曾先后进犯过白登、保德、河曲等地，都被当地守卫的将领打败，只有抚宁、瑞州两地为元兵所破，明太祖便把该两地的平民迁往内地。
洪武七年(1374)夏，都督蓝玉攻克兴和。李文忠亦派自己的副将捉拿斩杀元军首长，自己用大部队攻打高州的大石崖，攻克后，斩杀元朝宗王、大臣朵朵失里等，到毡帽山又斩杀元朝的鲁王，俘获他的妃子蒙哥秃。秋天，明太祖考虑到元朝太子在沙漠中流转离散，父子相互隔绝，没有后代，便让崇礼侯买的里八剌回到北方老家，用书信谕告他。过了二年，他的部下九住等侵犯西部边疆，失败后逃走。
洪武十一年(1378)夏，元朝太子爱猷识理达腊死，明太祖自己写祭文，派遣使者前往吊唁祭奠。爱猷识理达腊的儿子脱古思帖木儿继承了其父的皇位。其丞相驴儿、蛮子哈剌章、国公脱火赤、平章完者不花和乃儿不花、枢密知院爱足等带领一批人居住在应昌、和林，时常在塞下出没。明太祖屡次用印有皇帝印信封记的文书诏谕他们，他们不愿归顺。洪武十三年(1380)春天，西平侯沐英从灵川出兵，渡过黄河，经过贺兰山和沙漠地，在和林生擒脱火赤和爱足等人，把他们的军队全带了回来，同年冬天，完者不花也被擒。第二年春，徐达和他的副将军汤和、傅友德一起征讨乃儿不花，到了黄河以北地区，袭击了灰山，消灭和俘虏了许多元兵。
此时王保保已经逝世，各位魁首也相继按次序被平定，有的望风归降，只有丞相纳哈出率二十万人占据金山，几次窥视辽州，伺机偷袭。洪武二十年(1387)春，明朝派宋国公冯胜为大将军，率颍川侯傅友德、永昌侯蓝玉等，带兵二十万征讨纳哈出，同时把原先俘虏的元朝将领乃剌吾放了回去。冯胜的军队驻扎在道州，派遣蓝玉乘大雪袭击庆州，并攻克庆州。同年夏天，明军越过金山，临江侯陈镛追敌被围战死。乃剌吾回去后，把明朝廷抚恤恩典的事全告诉大家，这样全国公观童也来归降。纳哈出因听了乃剌吾的话已感到害怕，再则又被明朝的大军所压迫，于是表面上派人至明朝大将军营地投诚，暗地里窥视明军的兵势。冯胜派遣蓝玉去受降。元兵使者探明冯胜的兵势后回去报告给纳哈出，纳哈出仰天叹息道“：是上天不让我拥有这么多人啊！”于是带数百随从骑马到蓝玉那里投降。投降后不久，纳哈出又想脱离明军而去，被郑国公常茂打伤，因而不能离开。都督耿忠就带领众人去拜见冯胜，冯胜以厚重的礼节接待他，并与他一起吃一起睡。这样一来先后降获元朝士兵二十余万人，这些降服的士兵听说纳哈出受伤后，受惊溃逃而去的有四万人，缴获军用物资、牲畜马匹横贯达一百多里。冯胜带领出征的军队回去时，都督濮英带三千骑兵殿后，被元朝溃散的军队所拦击，濮英战死。同年秋天，冯胜等人向皇帝上章奏，献上纳哈出的属吏二百多人，将校三千一百多人，金印银印铜印共一百颗，雕有虎形的符和牌面三百二十五事，马二百九十多匹，称颂祝贺明太祖封纳哈出为海西侯，先后赏赐给他很多东西，同时授予乃剌吾千户人家的赋税。
纳哈出已经投降，明朝皇帝认为元朝残存的军队终究是边境上的祸患，就在军队中拜蓝玉为大将军，封唐胜、郭英为副将军，耿忠、孙恪为左、右参将，率十五万军队去征讨元朝残兵。同年冬天，元朝将领脱脱向蓝玉投降。第二年春，蓝玉率领大军从大宁到庆州，听说脱古思帖木儿在捕鱼儿海，便从偏僻小路急速前进，到百眼井时，没发现敌军，便想率军回去。这时定远侯王弼说“：我们奉神圣皇帝的恩威，带领十多万军队出征，深入到这个地方，如果没有任何收获，回去怎么向皇帝交待？”蓝玉便令军队挖地为灶烧火煮饭，一夜之间急速赶到捕鱼儿海。黎明时分，距离敌人营地只有八十里远。此时起大风，沙土飞扬，白天天色也很昏暗，军队前进没人知道，敌人也没防备。王弼为前锋，直接攻入元军营地，大败元军，斩杀太尉、蛮子数千人。脱古思帖木儿带着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃走。俘获了脱古思帖木儿的第二个儿子地保奴及其配偶五十多人。他手下的首领三千人、男女百姓七万多人，同时缴获马匹、骆驼、牛羊等十万头，把收缴的铠甲兵器全集中起来烧毁，接着又打破脱古思帖木儿的将领哈剌章的军营，把他们全部降伏。这样大漠北部的祸患便去除了。捷报传到，明太祖非常高兴，用纸币赏赐给地保奴等人，并命令有关官吏陈设食具招待他们。不久，有人说蓝玉私藏了地保奴的主妃，皇帝听后发怒，主妃知道后既惭愧又害怕就自杀了。地保奴知道后口出怨言，皇帝便把他流放到琉球。
脱古思帖木儿已经逃脱，想到和林去依靠丞相咬住，行到土剌河时，被部下也速迭儿所袭击，大家又都逃散，脱古思帖木儿只与捏怯来等十六人在一起。恰好咬住来迎接他们，想一起去投靠阔阔帖木儿，因为大雪而不能出发。也速迭儿的兵马突然冲至，用绳勒死脱古思帖木儿，并杀死了天保奴。这样，捏怯来、失烈门等人便投降明朝，明朝把他们安置在全宁卫所。不久，失烈门袭击并杀死捏怯来，捏怯来的部下溃散。皇帝下诏书让朵颜等卫所招抚他们，于是来归降的人更多。洪武二十三年(1390)春，明朝命令颍国公傅友德等以北平的军队跟随燕王，定远侯王弼等以山西的军队跟随晋王，一起征讨咬住、乃儿不花和阿鲁帖木儿等。燕王从古北口出发，侦察了解到乃儿不花在迤都扎营，于是冒着大雪急速进兵，离敌只有一碛远，敌人并不知晓。燕王派遣指挥观童先去敌营。观童与乃儿不花有旧谊，两人一见相互流泪。一会儿后，明军包围了乃儿不花的营地，乃儿不花大惊想逃，观童制止了他，并把他引见给燕王，燕王赏饮料食物给乃儿不花并对他抚慰后又送他回去。乃儿不花大喜过望，于是偕同咬住等人一起来归降。很久以后，乃儿不花等人因谋叛罪被杀，敌人更加衰弱。明太祖也分封燕王、晋王等为边境的藩镇，又每年派遣大将在边境要塞巡行，监督各卫所的士兵屯田，保持高度的警戒，外敌一入侵都被当地守军击败。而敌方自脱古思帖木儿以后，各部首领互相争斗，内乱不已。等传了五代到坤帖木儿时，全部被部下所杀，已经不再知晓元朝的皇帝称号了。后来有一个名叫鬼力赤的人篡位自立，称为可汗，废去国号，于是称为鞑靼。
明成祖即皇帝位后，派遣使臣持皇帝的诏谕与他们通好，给鬼力赤可汗和他的知院阿鲁台、丞相马儿哈咱等各赏银币。此时鬼力赤与瓦剌互相仇杀，屡次在边境要塞地区往来，明成祖下令各边关将领带兵严密防范。
永乐三年(1405)，鞑靼的头目埽胡儿、察罕达鲁花等人先后来明朝归附。过了很长一段时间后，阿鲁台杀死鬼力赤，在别失八里这个地方迎接元朝皇帝的后裔本雅失里，把他立为可汗。
永乐六年(1408)春，明成祖修诏书给本雅失里说“：自从元朝的气运终了以后，顺帝的后代爱猷识理达腊到坤帖木儿传了六代，就好像瞬息之间的事情一样，没有听说他们中有一人是有好结果的。我的亡父太祖高皇帝对元朝人的子孙，总是有意抚慰体恤，凡是来归顺的，总是让他们回到北方老家，例如把脱古思帖木儿送回去，他的子孙成为可汗，这些都是南北方人所共同知晓的。我的心与我亡父太祖高皇帝的心是一样的。元朝皇族的世系像线一样没有断绝，是去是来机会摆在面前，是祸是福就看你们选择。你应该审慎地处理好这件事。”本雅失里没有听从明成祖的劝告。