就根据张树声的报告认定李昰应就是乱首，经过几次询问，李鸿章虽知证据不足，但是为大清国计，必须定其罪名并加以处理。

至于如何处理大院君，清廷有人建议“将昰应羁留中国，令其富贵以终”的处理。之所以要把他留在中国，是为了避免大院君在朝鲜再度激发党争，坏了清政府在朝鲜问题上既定的“以夷制夷”外交策略。自从大院君被执之日起，高宗一再向清方求情，要求释放生父。就在大院君在天津被李鸿章等“会询”时，朝王还派赵宁夏等来津面呈咨文，要求清政府念其年老体弱，看在父子情份上，恩准其回国。最终，清朝政府宣布：“李昰应著免其治罪，安置直隶保定府地方，永远不准回国；仍著直隶总督优给廪饩，严其防闲，以弭该国祸乱之端，即以维该国王伦纪之变。”

然而，历史捉弄了清王朝。被决定永远不准回国的李昰应，在保定府被软禁不足三年，即由提议水不准复回的李鸿章以“甲申事变”后需收拾人心为理由，向清廷提出释放回国，这是后话。

清兵在朝鲜带走了大院君后，即开始了诱捕大院君之子李载冕及其部属的活动。李载冕在兵变后被大院君任命执掌兵权，吴长庆等在诱捕大院君后，害怕李载冕拥兵作乱，也将李载冕诱至南别宫拘禁起来。李载冕知道大院君一派已不可作为了，在拘禁中辞去兵权。

紧接着，夜间，吴长庆及副将张光前、何乘鳌、总兵吴兆有率亲兵庆字三营，奔赴“乱军所居”之枉寻、利泰两村，进行围捕。当时，起义士兵已知为大院君所欺骗而深感不安，但又不知所措，只好消极地观望形势。就在这个时候，突然遭到了清军优势兵力的围攻。清军与“乱党”短兵巷战，到天明时分，捕获了170余人，其余逃逸。经过审讯，杀了其中为首的10人，其余人交给朝鲜政府处理。

清军从诱捕大院君开始，到剿平叛乱者，完成了平定朝鲜内乱的任务，闵妃集团也借助清军之手，从根本上铲除了自己的政敌，重新夺回了失去的政权。

在这期间，日使花房义质曾经于8月20日面谒高宗谈判，提出如下要求：

一、朝鲜政府疏于负起治安责任，致使日本军人遭到杀害，以及日本公使馆遭到烧毁，朝鲜政府需对此负起责任，以书面谢罪，并履行以下各事项。

二、朝鲜政府在收到此要求书后十五日内，应缉捕凶手到案，并对其处以足使日本政府满意的刑罚。

三、朝鲜政府应为被害人办理隆重的葬礼，并支付被害人遗族日币五万元的补偿金。

四、凶手暴行所导致的日军之损害与出兵所需的一切费用，朝鲜国应负责赔偿。

五、今后五年间，驻在朝鲜国京城的日本公馆，由日军负责守卫。

六、除釜山、仁川之外，朝鲜政府并开放元山、咸兴、大丘等地让日商得以自由往来与经商。

因为中国大军到来，朝方有恃无恐，不接受日方苛刻要求。由于清军人数比日军占据优势，他们进入汉城后，既拘捕大院君，又镇压士兵起义，几乎包办了朝鲜政府的一切事宜。所以，日本人暂时停止了同朝鲜政府的交涉，坐视事态的发展。另一方面，清军逮捕和押走极端的排外主义者大院君，残酷镇压起义士兵，这对日本侵略者说来也是有利的。后来，花房见谈判没有任何进展，便运用恐吓的手段，致书高宗，责备朝鲜无修交诚意，悴然离开朝鲜京城去仁川，装出要决绝的样子，威胁朝鲜接受日本条款。

此时大院君已经被捕，并由中国兵船解送返天津。这时候，高宗完全倚靠中国势力来挽救自己的危机，日朝谈判也要借助中国的力量。

马建忠亲到仁川访花房，企图调解，但是，日使坚决拒绝中国参与日朝交涉。这是日本—贯的政策。因此马建忠所能做的，就是劝朝日双方和平会商，并暗中与高宗政府研究条款要点，提供意见，阴掣日本的奢求。